حضرت آیت الله العظمی مکارم شیرازی در دیدار با آیت الله شب‌زنده‌دار دبیر شورای عالی حوزۀ علمیّه، غلبه نظام دانشگاهی بر نظام سنتی حوزه را از مشکلات مهم حوزه در حال حاضر دانسته و فرمودند: عده‌ای در حوزه به واسطۀ غرب‌زدگی یا روشن‌فکری‌های کاذب جذب نظام دانشگاهی شده‌اند و حتی ادبیات آن‌ها هم ادبیات دانشگاهی شده است.
معظم له نظام سنتی حوزه را دارای برکات زیادی دانسته و فرمودند: حوزه تا آنجا که ممکن است باید روش سنتی خود را حفظ کند و از ویژگی‌های مخصوص آن مثل مباحثه که در تفهیم درس نقش مهمی دارد، استفاده شود.
ایشان با اشاره به اینکه بعضی از مراکز، طلّاب فاضل را از حوزه جدا می‌کنند، فرمودند: حوزۀ علمیّه با زحمت بسیار، طلّاب فاضل و اساتید را پرورش می‌دهد و مراکزی دیگر با حقوق بهتر و با عناوین مختلف آن‌ها را جذب می‌کنند که باید برای این موضوع تدبیری اندیشه شود.
معظم له وضعیت معیشت طلاب را مناسب ندانسته و افزودند: باید برای بهبود وضعیت معیشت طلّاب فکری کنیم.
ایشان با تأکید بر سوق‌دادن طلاب به سمت معنویات و برگزاری درس‌های اخلاق در حوزه، فرمودند: این امور باعث می‌شود که ارزش‌های مادّی تحت الشعاع قرار بگیرد و طلبه‌ها به خوبی پرورش پیدا کنند.
