حضرت آیت الله العظمی مکارم شیرازی در ابتدای درس خارج فقه خود در مسجد اعظم قم با بیان این که بین حوزه های علمیه شیعه و اهل سنت تفاوت است، فرمودند: حوزه های علمیه شیعه مستقل از حکومت ها حتی حکومت های عادله هستند، اما حوزه های اهل سنت وابسته به حکومت ها هستند. رییس حوزه و مفتی بلد اهل سنت به وسیله حکومت تعیین می شود اما در محیط شیعه هیچ گاه مرجع تقلید را حکومت تعیین نمی کند بلکه بوسیله بزرگان حوزه این کار انجام می شود.
ایشان با تاکید بر این که حوزه ها و مرجعیت وابسته به دولت ها نیستند و این مساله مایه افتخارشان است، فرمودند: حوزه های علمیه از نظام و حکومت حمایت می کنند اما وابسته نیستند.
ایشان اضافه کردند: وقتی آل سعود یک تصمیم خام، ناپخته و ظالمانه می گیرد که به یمن حمله کند مفتیان و علمای آنها می گویند تصمیمی حکیمانه است و وقتی که تصمیم به آتش بس بگیرند نیز چنین جملاتی را به زبان می رانند چراکه از خود اراده ای ندارند، اما در شیعه این افتخار بزرگ در سایه اهل بیت پیدا شده که مراجع و حوزه ها مستقل هستند.
معظّم له یادآورشدند: اگر حوزه ها مستقل نبود امام نمی توانست قیام کند و انقلاب به پیروزی برسد، این استقلال حوزه بود که انقلاب را بوجود آورد، اگر وابستگی بود انقلاب به ثمر نمی رسید.
حضرت آیت الله العظمی مکارم شیرازی تصریح کردند: الان در راس نظام یک روحانی مقتدر و عالم برجسته است، اینها نتیجه استقلال حوزه و مرجعیت و البته نعمت بزرگی است، بزرگان پیشین این دستاورد و نعمت را حفظ کرده اند و به ما رسانده اند ما نیز چنین رسالتی داریم و باید با تمام وجود در حفظ آن بکوشیم.
ایشان بیان داشتند: اخیرا در گوشه و کنار دیده می شود حرکتهایی به سوی وابستگی حوزه پیش می رود که این درست نیست، دولت برگزیده مردم و تنفیذ رهبری را دارد و ما نیز حمایت می کنیم اما همراه با نظارت و اگر مشکلی باشد مطرح می کنیم.
حضرت آیت الله العظمی مکارم شیرازی تاکید کردند: این که شجاعت داریم و مطالب را صریحا مطرح می کنیم به خاطر استقلال ما است؛ همه بدانند حوزه مردمی است.
ایشان افزودند: من سربسته عرض می کنم در گوشه و کنار به صورت خزنده برخی وابستگی ها در حال پیدا شدن است، این کار درست نیست، افتخار ما در استقلال حوزه ما است، ما از دولت و حکومت حمایت کرده و می کنیم اما نظارت هم می کنیم، مراقب باشیم این مساله مهم را از دست ندهیم.
معظّم له بیان کردند: ما وقتی مسؤول شورای عالی حوزه بودیم اساسنامه ای را برای حوزه نوشتیم و به حوزه شخصیت حقوقی دادیم، از جمله مسائل مهمی که در اساسنامه تاکید کردیم و نوشتیم این بود که حوزه مستقل است و باید مستقل بماند.
ایشان افزودند: ما همان موقع می دانستیم ممکن است برخی وابستگی هایی بوجود آوردند؛ من این جمله را عرض کردم امیدوارم در ذهن همه باشد و در تاریخ بماند.