ایشان اعدام افراد را در اسلام منوط به حکم قاضی دانسته و فرمودند: اگر در اسلام حکم اعدام فردی صادر شد، باید به صورت علنی و با حضور قاضی حکم اجرا شود، نه از طریق ترور. اسلام با ترور به شدت مخالف است.
معظم له، تروریسم را چالشی برای عصر حاضر برشمرده و تصریح فرمودند: مردم دنیا برای بازگرداندن امنیت به سرزمین‌های خود، باید با تروریست ها مبارزه کنند.
وی وجود تروریست ها را مشکل مضاعفی برای مسلمانان عنوان کرده و توضیح دادند: دشمنان اسلام به دنبال بهانه می‌گردند تا اسلام را به عنوان یک مانع از سر راه خود بردارند. امروز مهم ترین و بهترین سوژه آن ها مطرح کردن مسأله تروریسم است. متأسفانه گروه اندکی مانند وهابی ها که متعصب و از اسلام بیگانه اند، به دست آن ها بهانه می دهند.
آیت الله العظمی مکارم شیرازی اقدامات گروه های تندرو را به هیچ وجه مورد تایید ندانستند و ضمن محکوم کردن فعالیت‌های وهابی‌ها خاطر نشان کردند: متأسفانه غرب عملکرد این گروه ها را به عنوان فعالیت جهان اسلام به دنیا معرفی می کند. وظیفه گروه ها و نهادهای مختلف داخل کشور این است که با برگزاری جلسات، حساب این افراد را از اسلام جدا کنند تا این اقدامات دست آویز دشمنان اسلام قرار نگیرد.
ایشان، اسلام را متعهد و معتقد به اصول اخلاقی حتی در زمان جنگ معرفی کرده و افزودند: در اسلام کشتن اسیران، مجرمان و از بین بردن محیط زیست و ظلم به غیر نظامیان به شدت نکوهش شده است.
معظم له با اشاره به امپراطوری خبری غرب و ایجاد فضای تبلیغاتی به نفع استکبار جهانی، فرمودند: اگر مسلمانان بتوانند رسانه‌هایی قوی به وجود بیاورند، خواهند توانست در افکار عمومی جهان نفوذ کنند و بسیاری از تبلیغات دشمنان را بی اثر کنند.
ایشان بین حق طلبی مسلمانان با فعالیت های گروه های افراطی و تروریستی تفکیک قایل شدند و تصریح کردند: در فلسطین و برخی از کشورهای اسلامی، اشغالگران خانه های مسلمانان را ویران می کنند و به زنان و کودکان آزار می رسانند. به این افراد نمی توان گفت که ساکت باشید، بلکه آن ها باید از خود دفاع کنند. اشغالگران با حمایت قدرت های بزرگ به راه خود ادامه می دهند، ولی اگر یک فلسطینی عکس العملی از خود نشان دهد، به فعالیت تروریستی متهم می شود.
