آیت الله العظمی مکارم شیرازی، صبح روز سه‌شنبه پس از سه روز تعطیلی دروس حوزه در اعتراض به فاجعه سامرا، در آغاز درس خارج فقه خود در مسجد اعظم قم فرمودند: اهانت به ساحت پیامبر اکرم (ص) و حمله به بارگاه مطهر امامین عسکریین (ع) دو حادثه بسیار تلخی بود که طی چند روز گذشته روی داد. الحمد لله همه مسلمانان جهان واکنش بسیار مناسبی درباره این مسایل نشان دادند که جای تقدیر و تشکر دارد.
معظم له با اشاره به عمق فجایع اخیر فرمودند: نباید به چند جلسه سوگواری، راهپیمایی یا تعطیلی دروس اکتفا کنیم. مردم از حوزه‌ها و مراجع تقلید انتظار بیشتری دارند. باید مراجع تقلید با تشکیل جلسات مشترکی ریشه‌های این‌گونه مسایل را شناسایی و برای پیش‌گیری از آن چاره‌اندیشی کنند.
ایشان خطاب به دولت تأکید کرد: اگر چه احضار سفرا و هشدار به آنان کار خوبی است؛ اما کافی نیست. مردم از دولت انتظار بیشتری دارند. دولت باید اقدامات بیشتری در این زمینه داشته باشد.
آیت الله العظمی مکارم شیرازی خاطر نشان کردند: مردم و مرجعیت در ایران و عراق هوش‌مندانه عمل کردند و دشمن در هدف خود که اختلاف و درگیری بین مسلمین و جنگ داخلی بود، ناکام ماند؛ اما باید توجه داشت که اگر این مسأله از راه‌های گوناگون پی‌گیری نشود، ممکن است باز هم تکرار شود.
معظم له با اشاره به برخی خبرها مبنی بر وجود برنامه‌های از پیش تعیین شده برای بمب گذاری در حرم امامان مدفون در سامرا (ع) گفت: در وضعیت کنونی پیدا کردن سرنخ‌ها بسیار مهم است. در خبرها آمده بود که برخی شاهدان عینی گفته‌اند از شب پیش از حادثه، حرکات مشکوکی در اطراف حرم مطهر از سوی نیروهای اشغال گر و خارجی مشاهده شده که حکایت از برنامه‌ریزی قوی دارد. همچنین عمق فاجعه و تخریب بخش اعظم گنبد نمی‌تواند به وسیله یک بمب‌گذاری ساده باشد. دولت عراق باید هر چه سریع‌تر این سرنخ‌ها را بررسی کند.
آیت الله العظمی مکارم شیرازی در پایان با تأکید بر لزوم تسریع در بازسازی حرم امامین عسکریین (ع) تصریح کردند: علی‌رغم خواسته دشمن، باید مرقد امامین عسکریین (ع) هر چه سریع‌تر و با شکوه‌تر از گذشته بازسازی شود. به ویژه سرداب مقدس غیبت حضرت امام زمان (عج). مردم هم برای مشارکت در این امر مقدس اعلام آمادگی کرده‌اند. ان‌شاء الله دشمن از کارهای خود نتیجه معکوس خواهد گرفت.
